Zum ersten Mal wird Root 600 Jahre nach Chr. erwähnt. Zu dieser Zeit wurde auf dem danach benannten Michaelskreuz ein Missionskreuz errichtet. In der Folge wuchs die Kultur um den Rooterberg immer mehr heran.

Dem Ortsnamen Root dürfte eine keltische Bezeichnung für Fluss zu Grunde liegen (Ron, Rontal, Rotbach, Rotsee). Aus dem Jahre 1235 finden wir als Zeugen am alten Brückenkopf in Emmenbrücke die Statue des Leutpriesters Ulricus de Rota, der Schiedrichter im Hofe zu Luzern war. Ulrich Ritter von Hertenstein verkaufte 1261 einen Hof in Root dem Konvent zu Rathausen. Im Jahre 1253 wurde das Patronatrecht der Kirche Root dem Zisterzienser-Kloster Altenrief (FR) vergeben, was von Graf Hartmann dem Jüngeren von Kyburg anerkannt wurde. Nach der Sempacher Schlacht behielt die Stadt Luzern Root als Pfand und zog es 1394 ganz an sich.
1456 wurden 31 Rooter Bürger gezählt. Dem Bauernkrieg 1653 blieb Root fern, vermutlich unter dem Einfluss von Pfarrer Büttel. Als Belohnung genoss Root Zollfreiheit an der Gisikoner Brücke und beim Weggistor in Luzern sowie Befreiung von Hühnergeld und von der Vogtensteuer.

Im 19. Jahrhundert waren die Rooter initiativ, denn man muss sich einmal vorstellen: Im Jahre 1849 wurde der Bau der Kantonsstrasse in Angriff genommen, im Jahr 1864 wurde eine Eisenbahnlinie mit Bahnhof in Root gebaut und im Jahre 1873 nahm die Papierfabrik Perlen ihren Betrieb auf, wobei man wissen muss, dass der kleine Ort Perlen eine Ansiedlung der Papierfabrik ist, das heisst, erst war die Fabrik da, dann der Ort.